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一、程序的终止
发明专利申请的实质审查程序，因审查员作出驳回决定且决定生效，或者发出授予专利权的通知书，或者因申请人主动撤回申请，或者因申请被视为撤回而终止。
对于驳回或者授权的申请，审查员都在其案卷封面上的“实审”一栏内写明“驳回”或者“授权”字样，并且盖章。
对于每件申请，审查员都建立个人审查档案，便于今后的查询、统计。
二、程序的中止
实质审查程序可能因专利申请权归属纠纷的当事人根据《专利法实施细则》第八十六条第一款的规定提出请求而中止或因财产保全而中止；一旦审查员接到程序中止调回案卷的通知，会在规定的期限内将案卷返还流程管理部门。
三、程序的恢复
专利申请因不可抗拒的事由或正当理由耽误《专利法》或其实施细则规定的期限或者专利局指定的期限造成被视为撤回而导致程序终止的，根据《专利法实施细则》第七条第一款和第二款的规定，申请人可以向专利局请求恢复被终止的实质审查程序，权利被恢复的，专利局恢复实质审查程序。
对于因专利申请权归属纠纷当事人的请求而中止的实质审查程序，在专利局收到发生法律效力的调处决定或判决书后，凡不涉及权利人变动的，应及时予以恢复；涉及权利人变动的，在办理相应的著录项目变更手续后予以恢复。若自上述请求中止之日起一年内，专利申请权归属纠纷未能结案，请求人又未请求延长中止的，专利局将自行恢复被中止的实质审查程序。
审查员在接到流程管理部门送达的有关恢复审查程序的书面通知和专利申请案卷后，会重新启动实质审查程序。
