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根据国家知识产权局《专利审查指南》（以下简称《指南》）的规定，对生物技术领域发明专利申请要求保护客体的审查主要依据《专利法》第五条和第二十五条的规定进行。
一、依据《专利法》第五条对要求保护的客体的审查
《专利法》第五条规定：“对违反国家法律、社会公德或者妨害公共利益的发明创造，不授予专利权。”
《指南》在“违反社会公德的发明创造”中例举了一些属于不能被授予专利权的生物技术发明类型。此外，下列情况也属于专利法第五条规定的不能被授予专利权的发明：
（一）人类胚胎干细胞
人类胚胎干细胞及其制备方法，均属于《专利法》第五条规定的不能被授予专利权的发明。
（二）处于各形成和发育阶段的人体
处于各个形成和发育阶段的人体，包括人的生殖细胞、受精卵、胚胎及个体，均属于《专利法》第五条规定的不能被授予专利权的发明。
二、依据《专利法》第二十五条对要求保护的客体的审查
《专利法》第二十五条规定：“对下列各项，不授予专利权：（一）科学发现；（二）智力活动的规则和方法；（三）疾病的诊断和治疗方法；（四）动物和植物品种；（五）用原子核变换方法获得的物质。对前款第（四）项所列产品的生产方法，可以依照本法规定授予专利权。”
（一）微生物
微生物包括：细菌、放线菌、真菌、病毒、原生动物、藻类等。由于微生物既不属于动物，也不属于植物的范畴，因而微生物不属于《专利法》第二十五条第一款第（四）项所列的情况。
但是未经人类的任何技术处理而存在于自然界的微生物由于属于科学发现，所以不能被授予专利权。只有当微生物经过分离成为纯培养物，并且具有特定的工业用途时，微生物本身才属于可给予专利保护的客体。
（二）基因或DNA片段
无论是基因或是DNA片段，其实质是一种化学物质。这里所述的基因或DNA片段包括从微生物、植物、动物或人体分离获得的，以及通过其他手段制备得到的。
人们从自然界找到以天然形态存在的基因或DNA片段，仅仅是一种发现，属于《专利法》第二十五条第一款第（一）项规定的“科学发现”，不能被授予专利权。但是，如果是首次从自然界分离或提取出来的基因或DNA片段，其碱基序列是现有技术中不曾记载的，并能被确切地表征，且在产业上有利用价值，则该基因或DNA片段本身及其得到方法均属于可给予专利保护的客体。
（三）动物和植物个体及其组成部分
动物的胚胎干细胞、动物个体及其各个形成和发育阶段例如生殖细胞、受精卵、胚胎等，属于《指南》规定的“动物品种”的范畴，根据《专利法》第二十五条第一款第（四）项规定，不能被授予专利权。
动物的体细胞以及动物组织和器官（除胚胎以外）不符合《指南》所指的“动物”的定义，因此不属于《专利法》第二十五条第一款第（四）项规定的范畴。
可以借助光合作用，以水、二氧化碳和无机盐等无机物合成碳水化合物、蛋白质来维系生存的植物的单个植株及其繁殖材料（如种子等），属于《指南》所指的“植物品种”的范畴，根据《专利法》第二十五条第一款第（四）项规定，不能被授予专利权。
植物的细胞、组织和器官如果不具有上述特性，则其不能被认为是“植物品种”，因此不属于《专利法》第二十五条第一款第（四）项规定的范畴。
（四）转基因动物和植物
转基因动物或植物是通过基因工程的重组DNA技术等生物学方法得到的动物或植物。其本身仍然属于《指南》所定义的“动物品种”或“植物品种”的范畴，根据《专利法》第二十五条第一款第（四）项规定，不能被授予专利权。
