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根据国家知识产权局《专利审查指南》的规定，专利实质审查中涉及化学发明专利单一性的审查原则包括马库什权利要求的单一性审查基本原则以及中间体与最终产物的单一性审查基本原则。
一、马库什权利要求的单一性审查基本原则
如果一项申请在一个权利要求中限定多个并列的可选择要素，则构成“马库什”权利要求。马库什权利要求同样应当符合《专利法》第三十一条第一款及《专利法实施细则》第三十五条关于单一性的规定。如果一项马库什权利要求中的可选择要素具有相类似的性质，则应当认为这些可选择要素在技术上相互关联，具有相同或相应的特定技术特征，该权利要求可被认为符合单一性的要求。这种可选择要素称为马库什要素。
当马库什要素是化合物时，如果满足下列标准，应当认为它们具有类似的性质，该马库什权利要求具有单一性：
（一）所有可选择化合物具有共同的性能或作用；
（二）所有可选择化合物具有共同的结构，该共同结构能够构成它与现有技术的区别特征，并对通式化合物的共同性能或作用是必不可少的；或者在不能有共同结构的情况下，所有的可选择要素应属于该发明所属领域中公认的同一化合物类别。
“公认的同一化合物类别”是指根据本领域的知识可以预期到该类的成员对于要求保护的发明来说其表现是相同的一类化合物；也就是说，每个成员都可以互相替代，而且可以预期所要达到的效果是相同的。
二、中间体与最终产物的单一性审查基本原则
涉及中间体的申请的单一性同样需要符合《专利法》第三十一条第一款和《专利法实施细则》第三十五条的规定。
（一）中间体与最终产物之间同时满足以下两个条件，则有单一性：
1、中间体与最终产物有相同的基本结构单元，或者它们的化学结构在技术上密切相关，中间体的基本结构单元进入最终产物；
2、最终产物是直接由中间体制备的，或者直接从中间体分离出来的。
（二）由不同中间体制备同一最终产物的几种方法，如果这些不同的中间体具有相同的基本结构单元，允许在同一件申请中要求保护。
（三）用于同一最终产物的不同结构部分的不同中间体，不能在同一件申请中要求保护。
